Το μοναστηριακό συγκρότημα
        Αρχικώς το καθολικό της Μονής περιβαλλόταν από διάφορα μοναστηριακά κτίρια. Η πρώτη σ' εμάς γνωστή μορφή τους οφείλεται στον οξυδερκή και παρατηρητικότατο Ρώσο μοναχό Βασίλειο Μπάρσκυ. Μετά την εκεί επίσκεψη του, το 1735, μας άφησε σύντομη περιγραφή και σχέδιο της Μονής2. Τα κτίρια του σχεδίου του Μπάρσκυ πιθανότατα να ανάγονται στο έτος 1660, όταν ο τότε Αρχιεπίσκοπος Νικηφόρος (1641-1674) την είχε ανακαινίσει. Πάντως, όπως σημειώνει ο Ρώσος προσκυνητής, δεν ήταν στερεά, διότι κατασκευάστηκαν με το πιο διαδεδομένο υλικό της εποχής, τα πλιθάρια, σε αντίθεση με τον πετρόκτιστο ναό.

" Ή μονή αυτή καταλαμβάνει μεγάλον χώρον, είναι τετραγωνική και όχι στερεώς ώκοδομημένη, αφού όλα τα κελλία είναι εκ πλίνθων. Έχει εύρύχωρον αύλήν μετά φρέατος εξ αγνού ύδατος και ένα μεγάλον ναόν εις το μέσον, ώραίως ώκοδομημένον δια καλώς πελεκημένων ομαλών λίθων". Στα μετέπειτα χρόνια τα κτίρια της νότιας και της δυτικής πλευράς καταστράφηκαν εντελώς, χωρίς να αφήσουν κανένα ίχνος, ενώ απέμειναν μόνον αυτά της ανατολικής και βόρειας, που ανοικοδομήθηκαν εκ βάθρων στα τέλη του 18ου ή στις αρχές του 19ου αιώνα4. Η νέα μορφή απέβαλε και τη στοά μπροστά από την ανατολική πτέρυγα. Την ίδια περίοδο προσετέθη το σωζόμενο μέχρι τις ημέρες μας διώροφο κτίσμα στο ανατολικό τμήμα της βόρειας πλευράς.

Με τη μορφή αυτή χρησιμοποιούνταν έως τα μέσα του 20ού αι. Ωστόσο, με την πάροδο του χρόνου επήλθε η ερήμωση και τα κτίρια έγιναν ετοιμόρροπα. Τότε, ο νυν Ηγούμενος της Μονής Κύκκου Νικηφόρος, αμέσως μετά την ανάδειξη του στην ηγουμενία τον Ιανουάριο του 1984, ανέλαβε την ανακαίνιση και αναπαλαίωση τους.

Το επίπονο έργο περατώθηκε σε σύντομο χρονικό διάστημα. Στη συνέχεια, το 1986, στεγάστηκε σε αυτά το νεοσυσταθέν Κέντρο Μελετών Ιεράς Μονής Κύκκου, για τις ανάγκες του οποίου στις αρχές της δεκαετίας του 1990 λειτούργησε και η νεόδμητη Αίθουσα Τελετών. Την ίδια περίοδο κτίστηκε και το καμπαναριό. Σήμερα το μοναστηριακό συγκρότημα πήρε πιόσχη-μη μορφή, αφού επί των ημερών μας προσετέθη και νότια πτέρυγα.

Ο ναός
        Η προαναφερόμενη πολύχρονη εγκατάλειψη της Μονής συνέβαλε στη φθορά και του ναού. Για τον λόγο αυτό, ταυτόχρονα με την αναπαλαίωση των υπόλοιπων κτιρίων, ο Ηγούμενος Νικηφόρος προχώρησε από τα μέσα της δεκαετίας του 1980 και στην ανακαίνιση του καθολικού. Αποκαταστάθηκε και επιχρυσώθηκε το εικονοστάσιο, κατασκευάστηκαν δεσποτικοί θρόνοι, άμβωνας, προσκυνητά-ριο και πολλά άλλα απαραίτητα για την επαναλειτουργία του. Επίσης, αγιογραφήθηκαν από τον Σώζο Γιαννούδη και τοποθετήθηκαν στο τέμπλο οι εξής επτά νέες εικόνες: του Χριστού, της Παναγίας, του Ιωάννη του Πρόδρομου, του Ιωάννη του Θεολόγου, του Αρχαγγέλου Μιχαήλ, των Αγίων Τύχωνα, Μελετίου και Παρθενίου, και των Αγίων Νικολάου και Σπυρίδωνα. Τοιουτοτρόπως μετατράπηκε και πάλιν σε κέντρο αναφοράς του Μετοχίου.