Το Μουσείο της Ιεράς Μονής Κύκκου ανταποκρίνεται σε όλες τις επιστημονικές προδιαγραφές και τα διεθνή πρότυπα και εγκαινιάστηκε τον Μάιο του 1998. Σ' αυτό εκτίθενται εκκλησιαστικά είδη, παλαιοί χάρτες, γκραβούρες, αρχαία αντικείμενα και πολλά άλλα εκθέματα της πολιτιστικής παράδοσης του τόπου. Τα περισσότερα από τα εκκλησιαστικά είδη, όπως άμφια, εικόνες, βιβλία και χειρόγραφα υπήρχαν στη Μονή, ενώ μερικά από τα υπόλοιπα συλήθηκαν κατά το παρελθόν από διάφορα μέρη της Κύπρου και διοχετεύτηκαν στο εξωτερικό, από όπου αγοράστηκαν σε πλειστηριασμούς και επαναπατρίστηκαν.        Τμήμα του Μουσείου είναι το Εργαστήριο Συντήρησης χειρογράφων, εικόνων και μοναστηριακών κειμηλίων, όπου γίνεται συντήρηση και διατήρηση της πλούσιας συλλογής, που διαθέτει η Μονή.

       Ο εκθεσιακός χώρος, πέραν των επιστημονικών προδιαγραφών, από τις οποίες έπρεπε να διέπεται, ο Ηγούμενος της Μονής οραματιζόταν να είναι ένας χώρος πλούσια διακοσμημένος, ώστε να εκφράζει την αίγλη και αρχοντιά της Βυζαντινής αυτοκρατορίας.

        Να αποδίδει τον όρο «Βασιλική», που εμπεριέχεται στον επίσημο τίτλο της Μονής και την συνδέει άμεσα με τα αυτοκρατορικά ανάκτορα της Κωνσταντινουπόλεως, χώρο απο τον οποίο έλκει την ίδρυση και προικοδότησή της η Μονή, αφού ιδρυτής της θεωρείται ο Βυζαντινός αυτοκράτορας Αλέξιος Κομνηνός (1081-1118). Με αυτές τις προδιαγραφές το έργο ανατέθη στο αρχιτεκτονικό γραφείο των Ι. και Α.Φιλίππου. Τα πατώματα των χώρων του Μουσείου καλύφθηκαν με γρανίτες διαφόρων χρωμάτων και μάρμαρα, ένω οι οροφές επενδύθηκαν με ξύλο καρυδιάς, εμπλουτισμένο με ξυλόγλυπτες διακοσμήσεις και επιχρυσώσεις.

      Επιμέρους μαρμαροθετήματα με εικονιστικά συμβολικά θέματα, λιθανάγλυφα και τοιχογραφίες επιτείνουν τη διακόσμηση. H όλη ατμόσφαιρα του εκθεσιακού χώρου, με πλούσια υλικά, τον αρμόζοντα φωτισμό, τη βυζαντινή μουσική υπόκρουση, καθώς και τα μοναδικά εξαιρετικά αντικείμενα, τα πλείστα των οποίων είναι κατασκευασμένα από πολύτιμα υλικά, χρυσό, άργυρο, σμάλτο, ελεφαντόδοντο, μετάξι, πορφύρα, μαργαριτάρια και άλλους λίθους, υποβάλλουν τον επισκέπτη, βοηθώντας τον να μεταφερθεί νοερά σε παλαιούς καιρούς και να αναπλάσει στη σκέψη του τη δόξα και το μεγαλείο του Ελληνισμού και της Ορθοδοξίας.

       Οι εκθεσιακοί χώροι του Μουσείου βρίσκονται στα βορειοδυτικά του υφιστάμενου παλαιού συγκροτήματος της Μονής. Εισερχόμαστε στον χώρο του Μουσείου απο είσοδο, η οποία βρίσκεται στη βόρεια πλευρά της πάνω μεγάλης εσωτερικής αυλής του μοναστηριού.
Από αψιδωτή είσοδο, η οποία κλείνει με τετράφυλλη μεγαλοπρεπή θύρα, ένα επίμηκες κλιμακοστάσιο ανεβάζει τον επισκέπτη στον χώρο υποδοχής του Μουσείου, όπου στο βάθος, σε ειδικά διαρρυθμισμένο χώρο, βρίσκεται το κατάστημα του Μουσείου, απ' όπου ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να προμηθευτεί ποικίλα ενθύμηματα (βιβλία, διαφάνειες, κάρτες, αντίγραφα εκθεμάτων κ.ά.).