Το μοναστήρι του Κύκκου παρά τις τέσσερις καταστροφές, που υπέστη από πυρκαγιά, εξακολουθεί να διασώζει στα αμφιοφυλάκια του πολυάριθμα εκκλησιαστικά υφάσματα της μεταβυζαντινής περίοδου. Αντιπροσωπευτικά δείγματα από αυτά εκτίθενται στις προθήκες του Μουσείου.

        Στο κέντρο μπροστά από το κουβούκλιο εικονίζεται η εναπόθεση του σώματος του Χριστού σε λάρνακα από τη θεοτόκο, τον Ιωάννη και τον Ιωσήφ. Στο βάθος τρεις μυροφόρες περιστοιχίζουν την Παναγία, συμμετέχοντας στον Θρήνο. Στο δεξιό άκρο, όρθιος ο Νικόδημος, κρατεί στα χέρια του το δοχείο με τη σμύρνα. Στις άκρες δυό ολόσωμοι άγγελοι με ιερατικά άμφια σεβίζουν, ενώ δυό εξαπτέρυγα περιστοιχίζουν το κουβούκλιο.

         Η σύνθεση σχεδιάζεται ισορροπημένη μέσα στον χώρο, σχεδόν σε γεωμετρική διάταξη, αποδίδοντας με τις συγκρατημένες κινήσεις και τα εκφραστικά πρόσωπα το βαθύ αίσθημα λύπης, που θέλει να δώσει ο δημιουργός.

        Δυό μεγάλες προθήκες, προς το τέλος της αίθουσας 2, παρουσιάζουν την τελετουργική ενδυματολογία των διαφόρων βαθμίδων του ορθόδοξου ιερατείου (διάκονος, ιερέας, επίσκοπος)
Σε ξεχωριστό χώρο εκτίθονται νομίσματα της Βυζαντινής και οθωμανικής αυτοκρατορίας, καθώς και βυζαντινά και μεταβυζαντινά κοσμήματα.