Στα χρόνια της ανεξαρτησίας η Εκκλησία εξακολούθησε να διαδραματίζει τον ίδιο πρωταγωνιστικό ρόλο στα πολιτικοκοινωνικά δρώμενα του τόπου. Η Μονή Κύκκου δεν διέκοψε την παράδοση. Πρωτοστάτησε στους αγώνες για εθνική δικαίωση, δημοκρατία και πνευματική πρόοδο. Ανέπτυξε ένα πολύπλευρο έργο, που και πάλιν κάλυψε πολλές πτυχές από τις κοινωνικές ανάγκες του λαού. Διέθεσε αρχικώς ένα σημαντικό μέρος των πόρων της για την ίδρυση σχολείων, όπως είναι τα περίφημα πρώην γυμνάσια αρρένων Κύκκου (1961) και θηλέων Κύκκου (1964), σήμερα Λύκειο Α' και Λύκειο Β' Κύκκου. Για τη συνολική της πνευματική προσφορά, μάλιστα, η Ιερά Μονή Κύκκου το 1971 βραβεύτηκε από την Ακαδημία Αθηνών.



       Σημαντική ήταν και η βοήθεια που η Μονή πρόσφερε στους κυνηγημένους από τα τουρκικά στρατεύματα, που το 1974 αναζήτησαν προστασία στα βουνά του Κύκκου. Ανοιξε τις πόρτες και δέχθηκε χιλιάδες πρόσφυγες, παρέχοντάς τους φιλοξενία, παρηγοριά και δύναμη. Ταυτοχρόνως εισέφερε μεγάλα χρηματικά ποσά στα ανάλογα ταμεία του κράτους για την οικονομική ενίσχυση και την ανακούφιση των προσφύγων, τακτοποίησε σε δικούς της χώρους εκτοπισμένα εκπαιδευτήρια ή πνευματικά κέντρα, όπως το Γεωργικό Γυμνάσιο Μόρφου, που για αρκετά χρόνια μετά την εισβολή στεγαζόταν στον χώρο της Ιερατικής Σχολής. Η Μονή έγινε οικονομικός επίκουρος της αμυντικής θωράκισης και χρηματικός αρωγός της προσπάθειας για την καλυτέρευση των συνθηκών ζωής των στρατευμένων και αφιέρωσε γη για τη δημιουργία στρατοπέδων της Εθνικής Φρουράς.

Η αδελφότητα της Ιεράς Μονής Κύκκου σήμερα αποτελείται από 20 μοναχούς και 2 δόκιμους. Ηγούμενος από τον Ιανουάριο του 1984 είναι ο Επίσκοπος Κύκκου Νικηφόρος, ο οποίος πρωτοπορεί στον αγώνα της αδελφότητας, ώστε η Μονή να εξακολουθήσει να υπηρετεί πιστά τις αξίες και τα ιδανικά του ελληνισμού και να παραμείνει κέντρο διαφύλαξης της ορθόδοξης κληρονομιάς του τόπου.
Στις ημέρες μας, εκτός από το πολυδιάστατο εθνικό και κοινωνικό της έργο, η Μονή εστίασε τις δραστηριότητές της στην ενίσχυση των πνευματικών αξιών του λαού με παράλληλη αναζωπύρωση της ιστορικής και πολιτιστικής του μνήμης. Χάρισε μεγάλες εκτάσεις γης για το κτίσιμο σχολείων, όπως τις περιοχές που στεγάζονται τα Δημοτικά της Μακεδονίτισσας και του Παρισινού, δώρησε γη στους δήμους για τη δημιουργία πολιτιστικών κέντρων,